Нил течет с юга на север. Характер течения Нила бурный. Виктория-Нил Участок от истока из северной оконечности озера Виктория до впадения в озеро Альберт (Уганда, Восточная Африка) носит название Виктория-Нил (Victoria Nile). Его длина около 420 км. Пересекая скалистые гряды по территории Уганды, река образует многочисленные пороги и водопады с общим падением 670 м. Наиболее крупный водопад Мерчисона достигает 40 м высоты. Река проходит через впадину озера Кьога и впадает в озеро Альберт на границе Уганды и Демократической республики Конго, лежащее в тектонической впадине на высоте 617 м. ] Альберт-Нил Участок между озером Альберт и устьем правого притока Ачва носит название Альберт-Нил (Albert Nile). Река имеет равнинный характер течения до ее вхождения в Судан через узкое ущелье Нимуле, где течение вновь становится бурным и порожистым. Бахр-эль-Джебель Ниже города Джуба, выйдя из пределов нагорья, река на протяжении 900 км пересекает обширную плоскую котловину, заболоченный район Сэдд (здесь ее называют Бахр-эль-Джебель, «река гор»). Заболачивание происходит из-за того, что огромные массы водорослей и папируса загромождают русло, русло распадается на ряд рукавов, скорость потока падает, и большая часть принесенных с гор вод разливается по поверхности, испаряется, расходуется водной растительностью. Островки водной растительности, именуемые сэддами, в высокую воду отрываются от илистого грунта и медленно плывут вниз по течению. Сталкиваясь и сливаясь друг с другом, они часто закупоривают русло и мешают судоходству. Самые крупные притоки в этой части течения — Бахр-эль-Газаль ( «река газелей») и Собат, воды которого, стекая с гор, содержат большое количество взвесей и имеют характерный мутно-желтый (беловатый) цвет. Белый Нил Ниже Собата река получает название Белый Нил (Бахр-эль-Абьяд), оставляет позади область болот, и далее спокойно течет в широкой долине по полупустынной местности до Хартума, где сливается с Голубым Нилом. Отсюда и до Средиземного моря река именуется Нил (Эль-Бахр). Голубой Нил Голубой Нил значительно короче Белого, но в формировании режима Нила ниже Хартума он играет гораздо большую роль. Голубой Нил берет начало с Абиссинского нагорья, вытекая из озера Тана. С этого же нагорья Нил получает свой последний многоводный приток — Атбару.
