Одним из важных направлений исторических исследований Военно-Казачьего Департамента Украинской Академии Наук является Запорожская Сечь. Уникальная многовековая военная демократическая организация Сечи является яркой страницей истории казачества. После распада Золотой орды, Крымское ханство стало настоящим бедствием для народа Украины. Не имея достаточного экономического основания для своего существования, это государство, которое находилось под протекторатом мощной Османской империи, главным экономическим фактором своего существования сделало грабительские военные походы и работорговлю. Десятки, а то и сотни тысяч людей ежегодно из своих набегов выводили татары из Украины на невольничьи рынки Крыма. После татар оставались разрушенные, разграбленные и сожженные города и села, тысячи убитых людей. Сначала небольшие отряды охочих казаков давали отпор татарам в Диком поле, они неожиданно нападали на небольшие отряды татарского войска, казацкие дозоры предупреждали жителей городов и сел о подходе татар, чтобы они могли укрыться и спасти детей. В 1506 году первым Гетманом Украины был избран от рыцарства Лянцкоронский (родственник православного князя Острожского), который с казаками одержал три крупных победы над турками, над татарами и над волохами и вернул украинские земли возле Днестра и в устье Днепра (которые были захвачены еще при Батые). В этот период казаки ниже порогов (за порогами) Днепра, сделали засеки и укрепления для постоянного пребывания и охраны от татар, так возникла Запорожская Сечь. Здесь оставались только холостые казаки, которых привлекала свобода и возможность самим выбирать своих вожаков (кошевого атамана). Польское правительство признало их полезными и предоставило им земли для обеспечения и промыслов между реками: Конская, Самара, Калмиус, Ташлык и Буг. Формально казаки подчинялись гетману Украины. С 1540 г. Казаком стал потомок литовских и украинских князей Дмитрий Вишневецкий (Байда), который в 1550 году был утвержден на Черкасское и Каневское староство, которое в 1552 году покинул и со своими казаками прибыл на Запорожье и на острове Хортица построил крепкую Сечь. С этого времени со сторожевых казачьих отрядов было создано Войско Запорожское низовое, с главной целью обороны южных рубежей от басурман. Казаки-запорожцы одержали множество славных побед над татарами и турками, на своих чайках захватывали города в самой Турции и пригороды самого Стамбула. Они освобождали тысячи невольников, потопили множество турецких галер-каторг и снискали славу лучших воинов Европы. Король польский Стефан Баторий очень ценил казаков, приравнял их к шляхте, письменно утвердил за Запорожским войском большие земельные территории. Хотя делал и некоторые притеснения казачеству, так как за военные действия запорожцев ему постоянно угрожал войной турецкий султан. Его преемник Сигизмyнд почти сорок лет своего правления пытался уничтожить казачество и православие и окончательно закрепостить народ Украины. С этих времен, Сечь стала центром освободительной борьбы, казаки вынуждены были противодействовать не только басурманам, но и Польше. Войско Запорожское испокон веков (т.е. со времен, что помнят старики) делилось на 38 куреней:
