Зонами экологического бедствия в РК по прежнему являются Аральский и Семипалатинский регионы, где произошли разрушения естественных экологических систем, деградация флоры и фауны и вследствие неблагоприятной экологической обстановки нанесен существенный вред здоровью населения. В настоящее время в регионах, прилегающих к бывшему Семипалатинскому полигону (85 населенных пунктов с численностью населения почти 72 тыс.человек), отмечается высокий уровень онкологической заболеваемости и смертности населения, болезней системы кровообращения, пороков развития среди новорожденных и эффектов преждевременного старения. В зоне экологического бедствия Приаралья (178 населенных пунктов с населением 186 тыс.человек) наблюдается высокий уровень желудочно- кишечных заболеваний и анемии, особенно среди женщин и детей, детской смертности и врожденной патологии. Истощение и загрязнение водных ресурсов, а т.ж. проблемы, связанные с интенсивным освоением ресурсов шельфа Каспийского моря. Казахстан относится к категории стран с большим дефицитом водных ресурсов. В настоящее время водные объекты интенсивно загрязняются предприятиями горнодобывающей, металлургической и химической промышленности, коммунальными службами городов и представляют реальную экологическую угрозу. Из рек Южного Казахстана наиболее загрязнены Бадам и Талас. В Бадам сбрасываются сточные воды Шымкентского масложирокомбината, в Талас — сточные воды сахарного и спиртового заводов. В районе г. Тараз сточными водами фабрики первичной обработки шерсти, кожевенно-обувного комбината и др. Предприятий загрязняется Талас — Ассинское месторождение подземных вод, которое является единственным источником водоснабжения г. Тараз. Продолжается загрязнение канала Талас- Асса и прилегающие к нему территории сточными водами таразского фосфорного завода.
