В зависимости от природных и климатических условий можно выделить три группы и ряд природных экосистем. В основе квалификации для наземных экосистем лежит тип естественной (исходной) и растительности, для водных экосистем — гидрологические и физические особенности. Наземные экосистемы: 1. Тундра: арктическая и альпийская; 2. Бореальные хвойные леса; 3. Листопадный лес умеренной зоны; 4. Степь умеренной зоны; 5. Тропические злаковники и саванна; 6. Чапараль (районы с дождливой зимой и засушливым летом); 7. Пустыня: травянистая и кустарниковая; 8. Полувечнозеленый тропический лес (районы с выраженным влажным и сухим сезонами); 9. Вечнозеленый тропический дождевой лес. Пресноводные экосистемы: 1. Лентические (стоячие воды): озера, пруды, водохранилища и др.; 2. Лотические (текучие воды): реки, ручьи, родники и др.; 3. Заболоченные угодья: болота, болотистые леса, марши (приморские луга). Морские экосистемы: 1. Открытый океан (пелагическая экосистема); 2. Воды континентального шельфа (прибрежные воды); 3. Районы апвеллинга (плодородные районы с продуктивным рыболовством); 4. Эстуарии (прибрежные бухты, проливы, устья рек, лиманы, соленые марши и др.); 5. Глубоководные рифтовые зоны. Помимо основных типов природных экосистем (биомов) различают переходные типы — экотоны. Например, лесотундра, смешанные леса умеренной зоны, лесостепь, полупустыни и др.
